Valdybos narių atlygio dydžiai nustatyti Lietuvos Respublikos susisiekimo ministro įsakymu „Dėl akcinės bendrovės Vidaus vandens kelių direkcijos valdybos narių atlygio” (Nr. 3-538). Ji įsigaliojo nuo 2022-12-01.

Valdybos nario metinis atlygis kartu su visais mokesčiais už faktiškai vykdomą valdybos nario veiklą negali viršyti 1/4 dalies atitinkamos bendrovės vadovui nustatyto viso metinio atlygio (pastoviosios ir kintamosios dalių, metinės premijos ir su darbo užmokesčiu susijusių mokesčių metinė suma), valdybos pirmininko – negali viršyti 1/3 dalies atitinkamos bendrovės vadovui nustatyto viso metinio atlygio (pastoviosios ir kintamosios dalių, metinės premijos ir su darbo užmokesčiu susijusių mokesčių metinė suma).

Vadovo darbo apmokėjimo principai nustatomi vadovaujantis LR Vyriausybės 2022 m. rugpjūčio 23 d. nutarimu Nr. 1341 „Dėl valstybės valdomų įmonių vadovų darbo užmokesčio“ (https://e-seimas.lrs.lt/portal/legalAct/lt/TAD/TAIS.179051/asr), darbo užmokestis siejamas su bendrovės veiklos rezultatais.

Bendrovės valdyba tvirtina konkrečius bendrovės vadovo mėnesinės algos pastoviosios dalies ir metinius kintamosios dalies dydžius. Metinė algos kintamoji dalis negali viršyti 30 procentų bendrovės vadovui nustatyto metinės algos pastoviosios dalies dydžio. Rodikliai, pagal kuriuos nustatoma bendrovės direktoriaus algos kintamoji dalis, yra susieti su bendrovės strateginiais tikslais, numatytais bendrovės strateginiame veiklos plane. Konkretus vadovo metinė algos kintamosios dalies dydis nustatomas metams pasibaigus ir patvirtinus ataskaitinių metų finansinių ataskaitų rinkinį.